Подобно центральным банкам других стран, Банк России выполняет функцию финансового агента Правительства Российской Федерации. На его счетах хранятся средства федерального бюджета, бюджетов субъектов Федерации, местных бюджетов и государственных внебюджетных фондов.
Как финансовый агент Правительства РФ Банк России без взимания комиссионного вознаграждения ведет обслуживание счетов бюджетов всех уровней бюджетной системы Российской Федерации (если иное не установлено федеральным и законами) посредством проведения расчетов по поручению уполномоченных органов исполнительной власти и государственных внебюджетных фондов, на которые возлагаются организация исполнения и исполнение бюджетов. Он может предоставлять краткосрочные кредиты Правительству Росси и (для покрытия кассовых разрывов в госбюджете) под обеспечение ценными бумагами и другими активами, если иное не установлено Федеральным законом о федеральном бюджете. За исключением случаев, когда это предусматривается данным Законом, Банк России не вправе предоставлять прямые банковские ссуды Правительству РФ для финансирования бюджетного дефицита и покупать государственные ценны е бумаги при их первичном размещении. Он также не вправе предоставлять кредиты для финансирования дефицитов бюджетов государственных внебюджетных фондов, бюджетов субъектов Российской Федерации и местных бюджетов.
В то же время следует отметить, что в соответствии с Бюджетным кодексом РФ (вступил в силу 1 января 2000 г.) кредиты Банка России, а также приобретенные им на первичном рынке долговые обязательства Российской Федерации, ее субъектов и муниципальных образований не могут быть источником финансирования бюджетного дефицита.
Банк России консультирует Министерство финансов РФ по вопросам графика выпуска государственных ценных бумаг и погашения государственного долга с учетом их воздействия на состояние банковской системы и приоритетов единой государственной денежно - кредитной политики. Банк России осуществляет операции по обслуживанию государственного долга Российской Федерации и операции с золотовалютным и резервами в соответствии с федеральными законами. Согласно Бюджетному кодексу Р Ф управление государственным внутренним долгом (определение суммы, порядка, условий выпуска и размещения долговых обязательств) осуществляется Правительством РФ . Обслуживание государственного внутреннего долга производит Банк России и его учреждения путем совершения операций по размещению долговых обязательств Правительства РФ , их погашению и выплате доходов в виде процентов по ним или в иной форме.
